مطياف الفلورية الجزيئية أكثر من متحمس الجزيئات تنتج مضان ، دقة تحديد طيف الانبعاث ، وكثافة الحياة . النظام البصري هو الدقة ، مصدر الضوء الحساسة ، وارتفاع متطلبات العينة ، في كثير من الأحيان في عملية استخدام إشارة ضعيفة ، ضجيج كبير ، الطول الموجي الانحراف وغيرها من المشاكل . من أجل ضمان استمرار العمل الدقيق ، من المهم أن نفهم تشخيص و حل المشاكل المشتركة الجزيئية مضان الطيفي .