على الرغم من أن المياه المستخدمة في حقن المياه المعقمة يمكن تبادلها إلى حد ما ، هناك فرق واضح بين الاثنين على النحو التالي :

1 . عملية الإنتاج :

- الحصول على المياه النقية عن طريق التقطير بواسطة التقطير والتكثيف والتبريد بواسطة جهاز تقطير مصمم خصيصا ، ثم عن طريق الترشيح الدقيق ، لضمان أن تكون نوعية المياه مطابقة لمعايير إنتاج الحقن .

- يجب أن تخضع مياه الحقن المعقمة لعملية أكثر تطورا ، وأن تتم معالجتها على أساس مياه الحقن وفقا لعملية إنتاج الحقن لضمان عدم احتوائها على أي إضافات ، مع إجراء عمليات تعقيم صارمة .

2 . إستعمال :

- تستخدم مياه الحقن عادة في إعداد المستحضرات الصيدلانية ، بينما تستخدم مياه الحقن المعقمة في الحقن المباشر والعمليات الطبية الأكثر تعقيدا .

- تستخدم مياه الحقن المعقمة على نطاق أوسع ، ولا سيما في المياه السريرية ، مثل المذيبات أو مخفف للحقن مساحيق معقمة للحقن ، وغسل المنظار الداخلي .

3 . معايير الجودة :

- على الرغم من أن كلا يجب أن تستوفي متطلبات دستور الأدوية ، متطلبات تعقيم المياه للحقن يجب أن تكون أكثر صرامة . دستور الأدوية تنص على معايير القبول ، وطرق الاختبار ، والحفاظ على الشروط .